ProCountor-ohjelmisto sisältää kattavat maksuliikenne- ja pankkiyhteysominaisuudet. ProCountorin pankkiyhteydet mahdollistavat mm. laskujen maksamisen (SEPA-maksut, ulkomaanmaksut ja palkkojen maksu) ja sähköisten tiliotteiden sekä viitemaksuaineistojen käytön.
ProCountor tukee seuraavien kotimaisten pankkien käyttöä:
Aktia Säästöpankki
Handelsbanken
Nooa Pankki
Nordea
OP-Pohjola-ryhmä
Paikallisosuuspankit
Sampo Pankki
Säästöpankkiryhmä
Tapiola pankki
Ålandsbanken
Pankkitilin liittäminen ProCountoriin tapahtuu yksinkertaisesti täyttämällä pankkikohtainen pankkiyhteysvaltuutus, toimittamalla se allekirjoitettuna pankin konttoriin ja syöttämällä tilin tiedot ProCountor-ohjelmiston hallintaosuuteen.